引起少精症的病因很多，包括生殖道感染、精索静脉曲张、射精管不全梗阻、免疫因素、遗传因素等。环境因素、生活习惯、全身性疾病及其他因素对精子活力也有一定影响，而仍有30%~40%的病例无法明确其病因和发病机制，称为特发性弱精子症(idiopathic asthenozoospermia)，大致可分为七个方面：
1、特发性精子减少：即不明原因的精子生成减少，目前尚无法明确其病因。
2、身体疾患：
①生殖道感染：为临床常见的少精症病因之一，主要是附属性腺感染，常见病原体有大肠埃希菌、沙眼衣原体、解脲支原体等。青春期发生病毒性腮腺炎合并睾丸炎，使睾丸生精细胞受损。
②内分泌失调、维生素及微量元素缺乏、精索静脉曲张(VC)等也可抑制精子产生;
③射精管不完全梗阻：射精管囊肿，常染色体显性多囊肾(autosomal dominant polycystic kidney disease，ADPKD)合并生殖道囊肿如精囊囊肿，这些囊肿会压迫射精管导致射精管不完全梗阻，引起精液量少和弱精子症。
3、药物因素：免疫抑制剂如环磷酰胺、氨甲蝶吟、秋水仙碱等均可直接或间接影响精子生成，另外由于某些原因长期大量使用雄激素，由于负反馈作用使下丘脑促性腺激素释放激素减少而导致促性腺激素分泌降低，导致精子减少或缺乏;
4、环境因素：随着社会工业化的进展，大气环境中的有害物质、食品中的某些添加剂、农药残留、激素残留，放射线、高温环境等都可能对生精上皮造成损害，使精子细胞分裂迟滞或停止，甚或造成不可逆性破坏;
5、不良生活习惯：某些不良的生活习惯如酗酒、吸烟、吸食毒品、长时间泡热水澡、桑拿浴均可抑制精子产生。但临床上尚有很多病人无法找到明确病因。
6、遗传因素：目前报道与弱精子症相关的单基因遗传疾病主要包括精子鞭毛多发形态异常(multiple morphological abnormalities of the sperm flagella， MMAF)，主要致病基因有DNAH1、DNAH2、CFAP43和CFAP251等;原发性纤毛运动障碍(primary ciliary dyskinesia， PCD)，主要致病基因有CFAP221、CCDC39、DNAH5等;其他如精子线粒体相关基因GALNTL5，双孔钾离子通道TRAAK，钙离子通道CATSPER等突变。另外，研究报道了TEKTIN-2、GRP7等基因单核苷酸多态性也是特发性弱精子症的危险因素
7、免疫因素：正常情况下，机体不会对精子产生免疫反应，因为机体有多重局部免疫防御机制，避免了精子抗原刺激免疫系统，导致引起针对精子的免疫应答。一旦机体的局部免疫防御机制受到破坏或失平衡，精子抗原可以激起免疫反应，产生抗精子抗体(anti-sperm antibodies，ASAs)，导致精子凝集，精子活力减弱
因精子密度会在一定范围内波动，因此确定少精症至少得对精液检查2次以上，且应该检查前3~7天不射精，这样才能正确反映精液的质量。
对于少精症患者需要仔细询问病史，进行详细的体格检查，以及必要的实验室检查是找到病因的重要手段。
排除或明确患者是否存在影响精子生成的疾患如精索静脉曲张、生殖泌尿系慢性炎症、隐睾、内分泌失调、维生素及微量元素缺乏、病原微生物感染、药物影响，从而为临床改善提供依据和方向。
