巧克力囊肿取卵时是不建议一起消除的，本身患有巧克力囊肿的情况下，是不适合取卵，会造成卵巢刺激和伤害，但是也并不是绝对性。如果取卵同时消除巧囊，有可能会污染卵子，造成腹膜刺激，所以医生在取卵时会注意避开巧囊，所以不会取卵又同时治疗巧囊。另外，胚胎移植时要根据囊肿性质来决定是否移植。
巧克力囊肿不适合取卵
首先，巧克力囊肿一般情况下是不适合取卵的，本来巧克力囊肿是一种恶性肿瘤，会导致血小板减少，严重引起子宫肌瘤、子宫出血等症状。
其次，巧克力囊肿不仅会破坏卵巢的血管分布，还会降低卵巢的反应和卵巢储备。
最后，虽然有巧囊做试管促排卵后是可以取出优势卵子的，不过在做试管促排卵之前，是建议先进行治疗再取卵。
巧囊取卵时不能被治疗
首先，试管取卵一般不可以把囊肿一起消除。 囊肿通常由内分泌紊乱引起，是生长缓慢的良性病变。
其次，穿刺取卵时把巧克力囊肿刺破了是有可能会污染卵子的，但是医生一般都会比较注意，并且会及时作出规避处理，通常是没有太大问题的。
最后，巧囊如果在取卵时一旦破裂，这些液体就会流到腹腔中，就会出现腹膜刺激征，女性就会表现为剧烈疼痛、面色苍白、大汗淋漓、腹肌紧张、压痛、反跳痛等这些症状。
胚胎移植前看囊肿性质
生理性卵巢囊肿
1、若取卵后未出现下腹部阵发性绞痛、妇检或B超未提示卵巢肿瘤扭转，可在取卵后第3天移植鲜胚;
2、如果因为受到卵巢囊肿的影响，取出的卵子质量不佳，需要养囊的话，可在取卵后第5天移植囊胚;
3、若是取卵时穿刺囊肿过渡刺激了卵巢，需要调理一段时间，可在身体满足条件后随时做冻胚移植手术。
病理性卵巢囊肿
1、若是非肿瘤性质的巧克力囊肿，不用太担心，它们大多是良性，检查没有问题之后可按正常计划移植胚胎;
2、若是良性的肿瘤性质卵巢囊肿，可在手术切除恢复正常后移植胚胎;
3、如果是恶性的肿瘤性质卵巢囊肿，需要积极接受治疗，移植胚胎时间还得根据患者身体情况而定。
总之，巧克力囊肿取卵时是不建议一起消除的，本身患有巧克力囊肿的情况下，是不适合取卵，会造成卵巢刺激和伤害，但是也并不是绝对性。
