子宫内膜异位症中大约有三分之一的人会遇到怀孕困难，而另外的三分之二是可以自然怀孕的。但不能说得了子宫内膜异位症就一定会不孕。
引起不孕症的原因可能和子宫位置倾屈固定、卵巢功能失调、附件粘连、宫腔环境被破坏、免疫等因素有关：
性生活不和谐
部分内异症女性存在性交痛，影响性生活的质量和频次，所以怀孕机率降低。
卵巢排卵异常
部分卵巢部位的子宫内膜异位可能影响卵巢里面卵子的排出，容易发生未破裂卵泡黄素化综合征（LUFS），卵泡成熟但不破裂，卵细胞未排出而原位黄素化。
输卵管的拾卵能力下降
卵巢与输卵管的内膜异位可能会导致盆腔黏连，输卵管即使是通畅的，但是因为拾卵能力不行，抓不到卵子。
精卵的结合受影响
盆腔内异位子宫内膜伴有免疫功能缺陷和免疫紊乱，进而影响盆腔腹腔液微环境，导致精子和卵子结合能力降低，甚至阻碍卵子的受精。
受精卵的运输受影响
内膜异位可能引起盆腔黏连，导致输卵管的蠕动传送能力下降，受精卵朝向子宫腔的运动也受到影响。
受精卵着床受影响
排卵异常导致黄体功能不足，子宫内膜容受性欠佳，流产风险增高。
