子宫内膜异位症常由盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞、卵泡发育不良或排卵障碍等引起。一旦怀孕，异位的子宫内膜受到抑制而萎缩，就会导致习惯性流产。
2. 痛经。临床特征为进行性痛经，多为继发性，有的痛经量大，难以忍受，需卧床休息或用药止痛。
3. 周期性直肠刺激症状：直肠、肛门和外阴部肿胀、疼痛，并有便意和便次增多的感觉。当病变逐渐加重时，症状会越来越明显，而月经后症状消失。
4、月经紊乱。患者常有月经周期缩短、月经量增多或月经期延长，说明患者有卵巢功能障碍表现。
5. 痛苦的夫妻生活。当异位子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连存在于阴道穹窿，或卵巢粘连于盆底时，可产生夫妻生活疼痛。
6. 周期性的膀胱刺激症状。当病变累及膀胱腹膜反折处或侵入膀胱肌层时，会同时出现经期尿急和尿频等症状。如果病变侵入膀胱粘膜（膀胱内膜异位症），会出现周期性血尿和疼痛。
7. 月经期间或月经前后的急腹症：通常是具有穿透特征的卵巢子宫内膜囊肿。大多数患者因卵巢囊肿扭转或异位妊娠而进行紧急手术。如果不做手术就好了，盆腔粘连就会加重，将来会出现复发性破裂的急腹症。
8. 周期性下腹不适。这种症状的发生率高于痛经，在没有痛经的子宫内膜异位症患者中也常出现。它出现在病情较轻的患者中，或在一些病变较重但不产生痛经症状而仅有经期腰痛和下腹坠胀不适的患者中，这是由于个体的疼痛阈值差异或其他原因。
9. 腹壁和脐部瘢痕处的子宫内膜异位症则表现为周期性的局部肿块和疼痛。
10. 在直肠窝、子宫骶骨韧带或宫颈后壁常可触及1-2个或更多的小硬结，如绿豆或黄豆大小，大多有明显触痛，肛门检查时更为明显。
